مرحوم آیت الله سید جواد خامنه‌ای (1313 ه.ق - 1406 ه.ق) در جمادی الاخر سال 1313 ه.ق در نجف اشرف در خانواده ای روحانی دیده به جهان گشودند. در کودکی به همراه خانواده به تبریز مهاجرت کردند. نسب آیت الله خامنه‌ای به حضرت سلطان سید محمد که از سادات حسینی است و با چهار واسطه فرزند امام سجاد می شود می رسد .
پدر ایشان مرحوم آیت الله حاج سید حسین خامنه‌ای عالم بزرگ تبریز و امام جماعت مسجد جامع این شهر بود که در سال 1325 ه.ق رحلت نمود. سنین نوجوانی ایشان مقارن با آغاز نهضت مشروطیت بود و ایشان برخی از رویدادهای مهم از قبیل مصلوب کردن بزرگان تبریز در روز عاشورا به وسیله روسها را دیده بودند.
مرحوم آیت الله سید جواد خامنه‌ای تحصیل را در تبریز آغاز نمود در سال 1336 ه.ق برای ادامه تحصیلات به مشهد مقدس مهاجرت کرد. در آنجا 9 سال از محضر آیات عظام میرزا محمد آقازاده خراسانی، حاج آقا حسین قمی و حاج فاضل خراسانی استفاده برد که این ایام با قیام شیخ محمد خیابانی ـ شوهر خواهر ایشان ـ مقارن بود.
در سال 1345 ه.ق برای تکمیل تحصیلات رهسپار نجف اشرف شدند و از خرمن علم و معرفت آیات عظام میرزا نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی بهره بردند. پس از اتمام تحصیلات به مشهد بازگشتند و با دختر مرحوم آیت الله حاج سید هاشم نجف آبادی ازدواج کردند که رهبر فرزانه انقلاب حضرت آیت الله العظمی سید علی خامنه‌ای ثمره این وصلت مبارکند.
ایشان سالها در مشهد به تدریس فقه و اصول و اقامه جماعت در مسجد جامع گوهرشاد و مسجد صدیقیهای بازار بزرگ مشغول بودند و در دوران مبارزات فرزندانشان از رژیم ستمشاهی آزار و اذیت بسیاری متحمل شدند.
ایشان در عین برخورداری از مقامات عالی علمی ، وجهه ای مردمی و محبوب داشتند و تا آخر عمر در خانه ای محقر و البته با صفا زندگی کردند . او همواره با رژیم های سلطه ستم شاهی مخالف بود و هرگز حاضر نشد تا قدمی در موافقت و تأیید آنها بردارد . مقام معظم رهبری در توصیف ایشان می فرمایند : " پدرم با هر کاری که رضا خان پهلوی کرده بود ، مخالف بود – از جمله ؛ اتحاد و شکل از لحاظ لباس – و دوست نمی داشت همان لباسی را که رضا خان به زور می گوید ، بپوشد . " مرحوم آیت الله حاج سید جواد خامنه‌ای سرانجام در 15 تیر 165 / 25شوال 1406 در مشهد دار فانی را وداع گفتند و پس از تشییع با شکوه مردمی در جوار حضرت امام رضا (علیه السلام) 9 در توحید خانه (رواق پشت سر حضرت) به خاک سپرده شدند.

جناب حجت الاسلام آقای حاج سید علی خامنه‌ای رییس جمهور محترم دامت افاضاته
رحلت والد معظم جنابعالی که عمری با علم و تعهد و تقوا به سر بردند ، موجب تأسف گردید. این مصیبت را به جنابعالی و اخوان محترم و خاندان جلیل تسلی گفته ، سلامت و موفقیت آن جناب را از خدای تعالی مسئلت دارم .


منبع: سایت آستان قدس رضوی و مرکز اسناد انقلاب اسلامی